免疫低下時に発症する、日和見感染症の一つであるニューモシスチス肺炎を起こす。 以前はPneumocystis carinii による肺炎とされ、「カリニ肺炎」と呼ばれた。しかし、ラットから見つかったニューモシスチス・カリニと、ヒトで肺炎をおこすニューモシスチスは異なる種類であることが判明した。